红旗区法院内设机构有：政治处、办公室、研究室、纪检监察室、行政装备科、刑庭、民一庭、民二庭、行政庭、立案庭、审监庭、执行局、法警大队、技术科、开发区法庭、小店中心法庭、机关后勤服务中心总共17个。